Je dôležité rozlíšiť akútnu a chronickú hnačku, lokalizovať problém v tenkom alebo hrubom čreve a pochopiť, či je hnačka spôsobená primárnym gastrointestinálnym ochorením alebo je dôsledkom extraintestinálneho ochorenia.
Vzhľadom na rôzne príčiny hnačky a jej potenciálne obmedzujúci charakter by sa diagnostický prístup mal líšiť v závislosti od klinickej anamnézy pacienta, závažnosti symptómov a dostupnosti majiteľa.
sú najčastejšími príčinami. V týchto prípadoch je veľmi dôležitá anamnéza (kontakt s chorými zvieratami, známa intolerancia, pobyt v chovateľských staniciach, konzumácia nevarených alebo pokazených potravín).Prítomnosť hlienu, živej krvi, ťažkosti a naliehavosť pri defekácii naznačujú problém s hrubým črevom, zatiaľ čo chudnutie a prítomnosť natrávenej krvi svedčia o postihnutí tenkého čreva.
U zvierat s miernou hnačkou, normálnou konzumáciou potravy a vody, bez zvracania alebo dehydratácie často stačí podporná starostlivosť. V prípade progresie klinických príznakov, s dehydratáciou a stratou chuti do jedla, sú potrebné ďalšie diagnostické testy, ako sú testy stolice, testy na infekčné choroby a krvné testy, s osobitným dôrazom na zvieratá so známkami systémových chorôb.
Hnačka u domácich zvierat je príbuzná s Clostridium perfringens, Clostridium difficile, Campylobacter, Salmonella a E. coli. Na druhej strane však mnohé zdravé zvieratá tieto baktérie uchovávajú a ich nález nemusí nevyhnutne znamenať prítomnosť klinických príznakov.
Najmä existuje zjavná korelácia medzi nimi C. perfringens a akútna hemoragická hnačka, ale nie je jasné, či je prítomnosť tejto baktérie príčinou alebo dôsledkom „zmeny črevnej mikroflóry; to isté platí pre C. ťažké.
Campylobacter je na druhej strane schopný spôsobiť gastrointestinálne symptómy, najmä u mladých zvierat vystavených predisponujúcim faktorom, ako je stres, preplnenosť a sprievodné choroby.
Niektoré typy E. coli môžu spôsobiť črevné infekcie u psov s oslabeným imunitným systémom a často sa podieľajú na boxerovej granulomatóznej kolitíde s podobnými léziami opísanými aj vo francúzskom buldogu a border kólii.