Patogenéza skúma vývoj ochorenia a reťazec udalostí s ním spojených, ktoré krok za krokom určujú morfofunkčné zmeny buniek a tkanív patriacich k postihnutým orgánom. Tieto zmeny môžu byť spôsobené chemickými, fyzikálnymi alebo biologickými faktormi (vírusy, baktérie atď.).
Etiológia definuje príčiny, patogenéza študuje dôsledky.
Pri čítaní lekárskych textov sa preto môžeme stretnúť s pojmami ako: mikrobiálna patogenéza, zápalová patogenéza, vírusová patogenéza, malígna patogenéza (tendencia ochorenia, spravidla nádoru, sa progresívne zhoršuje, až sa stáva potenciálne smrteľným). Mnoho chorôb rozpoznáva rôzne príčinné faktory (multifaktoriálna etiológia) a ešte početnejšie sú choroby charakterizované rôznymi evolučnými mechanizmami (viacnásobná patogenéza).
